本发明公开了一种激光大气闪烁指数预测方法及系统，包括：构建大气湍流仿真模型；记录参考光束穿过大气湍流仿真模型后的光强图样，并计算参考光束穿过大气湍流仿真模型后的闪烁指数；将光强图样和闪烁指数作为训练数据，送入神经网络进行训练，得到训练好的神经网络模型；将未知光束的光强图样送入神经网络模型中，对未知光束的闪烁指数进行预测。本发明克服了现有技术中存在的计算复杂、耗时长、难以消除外界噪声因素影响、鲁棒性差等缺陷，通过神经网络，实现对不同湍流强度大气模型中各大气闪烁指数的分别预测。预测准确、计算简单、避免了外界噪声因素影响。