本发明公开了一种薄互层穿层压裂方法及其应用，所述方法包括：(1)在前置液造缝阶段加入混合粒径支撑剂；(2)泵注小粒径支撑剂；(3)注入压裂液；(4)暂堵施工。本发明分析了目前含煤系多种岩性薄互层油气储层压裂技术的不足，提出了针对性技术，该技术以变黏度强抑制性压裂液体系优化技术、混合粒径支撑剂加入技术、缝端暂堵剂加入技术及支撑剂均匀铺置技术为核心，配合相应的施工技术取得了良好效果。本发明解决了含煤系多种岩性薄互层油气储层压裂时液体沿层面滤失大，无法有效压穿多岩性储层，支撑剂铺置不到位，支撑效果弱的问题。