本发明属于变压吸附脱氮工艺控制技术领域，具体涉及一种天然气变压吸附脱氮工艺计算机控制方法及系统。该方法包括a)确定吸收塔的进气时间；b)确定前半周期吸附和解吸时间；c)确定前半周期切换时间；d)确定后半周期吸附和解吸时间；e)确定后半周期切换时间；f)运行监测反馈阶段。本发明提供的天然气变压吸附脱氮工艺计算机控制方法，能够实现对于一组吸附塔的升压、降压阀门的切换时间进行科学的设置，既提高的生产效率，又提高了原料气的利用率。