本发明提供了一种花生根际微生物菌系及其生物菌肥在土壤改良修复上的方法，涉及土壤改良技术领域。本发明包含对花生果腐病病原菌具有抑制作用的菌株，同时包含具有溶磷、解钾、固氮、调节pH和降解花生自毒物质能力的菌株，以及分泌植物生长调节剂的菌株。将这些菌株复配应用于花生种植中，具有显著的促生、防病和增产作用。同时，将该花生根际微生物菌系制备的生物菌肥将微生物菌系、有机质和无机复合肥搭配施用防治花生果腐病，不仅能通过促生菌协同增效作用及其生物有机肥的促生作用增加产量，还能通过生防菌株和促生菌株的协同作用防治花生果腐病而提高产量。