本发明公开了一种水稻稻米外观透明的低直链淀粉含量的等位基因Du1ΔA121，属于生物技术领域。该基因在水稻Du1基因编码区第1外显子的第361至363位核苷酸缺失，其含有如SEQ ID No.1所示的基因序列和如SEQ ID No.2所示的编码区序列。本发明还公开了一种Du1ΔA121所编码的蛋白，其含有如SEQ ID No.3所示的氨基酸序列。本发明的直链淀粉含量控制基因还可以应用于稻米外观透明的低直链淀粉含量水稻新品种选育。本发明携带纯合Du1ΔA121基因的突变体tas1，AC为11.0%左右，下降了4.5个百分点左右，相比软米对照南粳9108（AC为8.7%），籽粒透明度明显较好。