本发明公开了Angiogenin作为先天性巨结肠肠炎早期预测及诊断标志物的应用。本发明提出以健康人Angiogenin水平为对照，当检测样品的Angiogenin水平显著高于对照时；或当检测样品的Angiogenin水平大于126.7pg/mL时，则存在先天性巨结肠肠炎患病风险。该标志物的诊断效果好，AUC可达0.8558水平，最佳界限对应特异性为85.71％，灵敏性为81.48％。本发明有效的填补了先天性巨结肠肠炎在诊断以及早期诊断领域中的空白。