本发明提供一种无人机集群自组织飞行方法、系统及无人机，包括：基于提出的边界约束三角密铺方法，采用独立强化学习评估单元结构适应度，基于适应度应用进化算法得到无人机群的最佳编队单元结构，以及能够飞行达到该单元结构的无人机策略模型；变换无人机参数，预先训练构建得到无人机策略模型库，从策略模型库中确定与无人机群性能参数相匹配的策略模型；基于任务信息、基于每架无人机观察临近无人机飞行信息和选择的策略模型确定各无人机的策略动作；本发明基于结构演化的密铺编队和基于单智能体视角的独立强化学习，可用于通信拒止和局部观察限制下的无人机集群自组织飞行；同时本发明提供的技术方案易于理解，实施简单，具有广泛的适用性。