一种FPGA程序远程升级中Flash数据的压缩存储方法，该方法将远程升级的引导程序生成压缩的目标文件，将其存储在Flash存储空间靠前的地址区间，剩余空间填充无效数据；将远程升级的应用程序生成压缩的目标文件，将其存储在同一Flash存储空间靠后的地址区间。本发明提出的数据压缩存储方法，在不影响引导程序和应用程序运行的基础上，提出了引导程序和应用程序重叠存放的方法，将两个程序存放在小于2倍FPGA运行程序的Flash中；在保证远程升级功能正常的基础上，节省了Flash成本。