本发明提供了一种用于弹载FPGA在线升级的启动配置方法，包括以下步骤：上位机下载模块将FPGA配置文件发送至FPGA模块；FPGA模块将FPGA配置文件烧写至Flash存储器；基于Flash编程算法完成FPGA配置文件快速启动配置，得到升级镜像文件、G镜像比特流文件；基于CRC32算法校验升级镜像文件的完整性；重启弹载产品，完成配置。本发明所述的一种用于弹载FPGA在线升级的启动配置方法，可在不增加外部接口情况下，利用弹载产品本身接口完成对FPGA程序的在线升级，从而大大减小产品体积和成本；不需要专用的下载器、专业软件、专业人员来完成，使用维护简单易操作，降低试验发生故障的风险；启动时间短，弹载数据采集不容易丢失。