本发明涉及废水处理技术领域，公开了一种磺胺类高盐废水生物工程菌处理方法，包括如下步骤：S1：根据磺胺类高盐废水水质筛选得到MEFS工程菌群；S2：将MEFS工程菌群投入第一废水中驯化扩增；S3：将S2中得到的MEFS工程菌群投入第二废水中进行发酵预处理；S4：预处理出水经稀释后，进入连续的两段AO生物处理工艺进行处理，之后达标排放。本发明采用的MEFS工程菌群对处理磺胺类高盐废水具有独特的优势，提高该高浓废水的可生化性和处理效率；对该高浓废水进行生物预处理，降低该高浓废水的生物毒性，尽可能地降低后续常规系统的负荷，再通过常规生物处理工艺，降低处理成本。