本发明提供一种双介质分层注入流量的控制装置及其控制方法，接头的下部与外管的首端螺纹连接，控制单元与上接头的尾端相连，控制单元与可调流量组件电连接，在控制单元外设置用于保护控制单元的控制单元舱，在控制单元舱和外管之间设置内管；控制单元与电机及减速器电连接，电机及减速器与调节机构的首端相连，调节机构的尾端与可调三通阀的首端相连，可调三通阀设置在流量调节内管中，电机及减速器和调节机构均设置在电机密封舱内。该控制装置无需下入仪器测试调配，不受井斜限制，实现了实时的对注入量的调配。