本发明公开了一种高含沙水体分层泥沙收集装置及其使用方法，该装置包括：分层结构，所述分层结构包括单侧开口的容器，所述容器的开口侧供河道中的涌潮灌入，所述容器内通过隔板按照高程至少分隔成两个容腔，各容腔与开口侧相连通；收沙结构，所述收沙结构包括依次相连的收沙池和清水池，所述收沙池通过第一连接管与所述容腔相连通；其中所述第一连接管上布置有第一水泵，所述清水池内设置有第二水泵，所述收沙池中设置有浊度仪，所述河道中布置有流速仪。模型试验的涌潮快水阶段河道中不同高程的含沙水体通过分层结构依次经过沉沙池、清水池，泥沙经过充分沉淀留存在沉沙池，通过该装置可收集涌潮快水阶段不同高程的泥沙，弥补现有空白。