本发明公开了一种柔性直流换流阀的电磁干扰测量分析系统及其操作方法，所述系统包括：采集模块，用于采集待测量的柔性直流换流阀产生的电磁信号；处理模块，用于获得磁场强度信号并转换为光信号输出；显示分析模块，用于获得分析结果并显示；屏蔽模块，用于放置处理模块；光纤通信模块，用于实现采集模块和处理模块间的有线通信；用于实现处理模块和显示分析模块间的有线通信。本发明能够分析柔性直流换流阀内驱动控制器以及其他器件的受干扰情况及失效原因，具有较好的灵活性和可靠性。