本发明公开了一种嵌入式系统不同时钟域运行时戳获取方法及装置，嵌入式系统包括：时钟域管理模块和同步时戳获取模块，其中方法包括：提供时钟域注册管理接口，来标识时钟域信息；通过周期性的同步时戳获取，对时钟域管理模块内不同时钟域时钟转换计算时所需的基准时戳进行更新；通过周期更新的基准时戳，对时钟域管理模块内不同时钟域间进行同步时戳转换计算时的转换关系进行更新；基于时钟域管理模块，依据一时钟域在预设时刻的实时运行时戳，计算其它时钟域在预设时刻的运行时戳。通过不同时钟域之间的时戳对应关系，实现依据一个时钟域的实时运行时戳，来获取其它时钟域的实时运行时戳，并避免了实时时戳因计算机位数原因翻转导致的计算错误。