一种水溶性有机杂化多金属氧酸盐的制备方法及其应用，属于医药技术领域，可抑制HPV病毒感染。该有机杂化多金属氧酸盐的制备方法包括：对聚乙二醇单烷基醚的端羟基改性；对缺位多金属氧酸盐进行巯基硅烷改性；通过共价键反应将巯基改性多金属氧酸盐与端羟基改性的聚乙二醇单烷基醚结合，即得本发明所述有机杂化多金属氧酸盐。本发明的特点在于通过亲水性有机链段改善了多金属氧酸盐的水溶性，同时保持了多金属氧酸盐的原子团簇结构，显示了良好的抗HPV活性。