本发明公开了一种水产养殖用复合微生物制剂的制备方法，制备所述复合微生物制剂原料包括光合细菌、酿酒酵母菌、枯草芽孢杆菌、蛭弧菌、复合EM菌和碳源。本发明对植物纤维通过碱溶液进行浸泡预处理，能够提高纤维素作为碳源的处理分解效果，且采用常见且纤维素含量高的农作物作为碳源，能够有效降低成本，另外通过采用物理除氧厌氧培养法获得紫色非硫光合细菌富集培养液后，再对紫色非硫光合细菌进行分离纯化，能够得到效果更佳的紫色非硫光合细菌，在制成复合微生物制剂后，其与其它菌粉的协同作用更强，为水体的净化治理与水产品的健康生长提供了良好的作用效果。