本发明公开了一种提高阵列高速开关阀使用寿命的PWM控制方法与系统，利用PWM控制器控制由流量增益相同的第一开关阀、第二开关阀以及第三开关阀并列构成的阵列高速开关阀的工作状态，具体包括以下步骤：(1.1)将控制量u平均分为三个范围，每个范围对应设置一种模式，包括模式一、模式二、模式三；所述的控制量为用于控制阵列高速开关阀平均输出流量的PWM信号占空比；(1.2)每个模式状态下，对于阵列高速开关阀中的每个开关阀的PWM信号占空比进行分配，根据分配的占空比构建每个开关阀的工作状态；本发明能够减少阵列高速开关阀的总切换次数，提高了阵列高速开关阀的使用寿命。