本发明提供了一种节能的多级泵变频联动系统，包括：一级泵管路，所述一级泵管路包括若干个一级泵支路，所述一级泵支路上设有一级泵、冷水机组，所述一级泵与冷水机组相连通，各个所述一级泵支路之间并联；二级泵管路，所述二级泵管路包括若干个二级泵支路，各个所述二级泵支路之间并联，所述二级泵支路上设有一个或多个并联的二级泵、负载单元、旁通管，所述二级泵与负载单元相连，所述旁通管与二级泵、负载单元组成环路结构；所述一级泵管路与二级泵管路相连；所述一级泵管路控制方法为：采集二级泵管路各个旁通管流量；调节一级泵频率，使至少1个旁通管流量接近0。本发明可对对一、二级泵进行智能联动控制，具有高效节能效果。