本发明公开了一种分散接入柔性牵引变压器的新能源储能系统及控制方法，包括依次连接的：柔性牵引变压器、隔离型DC/DC变换器、直流母线、新能源储能装置；柔性牵引变压器与隔离型DC/DC变换器连接；隔离型DC/DC变换器分别与柔性牵引变压器、直流母线连接；直流母线与新能源储能装置连接；新能源储能装置，用于为柔性牵引变压器的直流环节传递功率；本发明通过储能装置减少弃风、弃光，并为各类新能源接入与就近消纳提供便利，协调再生制动能量储存，实现新能源与再生制动能量的最优利用，促进铁路牵引供电的绿色健康。