本发明公开了一种压差控制器、制氢系统、制氢系统的控制方法及装置，其中制氢系统，包括电解槽、氧分离器、第一驱动装置、氢分离器、第二驱动装置和压差控制器，其中压差控制器与氧分离器的第一压力检测装置、氢分离器的第二压力检测装置、第一驱动装置和第一驱动装置通信连接。本发明的技术方案可以在压差控制器中根据压差信号反馈，控制驱动装置带动密封活塞运动，进而使氢分离器与氧分离器之间的压差在预设范围内，从而可以解决在PEM制氢系统运行过程中存在催化剂脱落的问题。