本申请公开了一种基于PWM思想的永磁同步直线电机磁极结构设计方法，包括：通过等面积原理把PWM思想运用到永磁体的磁极结构优化中，设计得到包括多块永磁体阵列的永磁同步直线电机磁极结构；所述永磁同步直线电机磁极结构中，使用等面积法来对永磁体构成的磁极进行PWM脉宽调制，PWM脉宽调制结果确定每块永磁体的宽度，多块宽度不等的永磁体来近似产生一个正弦气隙磁场，进而达到降低电磁推力波动的目的。本发明能够有效减少永磁同步直线电机气隙磁场谐波含量，提高气隙磁场正弦度，有效抑制推力波动，解决PMLSM气隙磁场非正弦这一问题。