本发明公开了一种难降解工业废水超低排放深度处理方法及系统。所述系统包括依次连接的臭氧发生器；微气泡发生器；臭氧催化氧化反应器；曝气脱氧罐；和好氧生物膜反应器。本发明充分利用了微气泡(催化)臭氧化的强氧化能力和高反应效率，以及好氧生化处理的低成本运行，在难降解工业废水深度处理中应用，臭氧利用率达到90％以上，单次梯级处理难降解有机物矿化去除率可达到50‑60％，两次梯级循环处理或两级梯级处理难降解有机物矿化去除率可达到70‑80％，处理后出水COD浓度可降至50mg/L以下，满足更严格排放标准要求。