一种多跨高低差基础底板结构及其施工方法，包括第一基础底板、第二基础底板、第三基础底板、第四基础底板和第五基础底板；第二基础底板与第一基础底板间设有第一侧墙，第一侧墙与第一基础底板、第二基础底板一体成形；第三基础底板与第二基础底板之间设有第一地下室外墙和第二侧墙；第二侧墙与第二基础底板一体成形；第四基础底板与第一基础底板间设有第三侧墙，第四基础底板与第二基础底板间设有第四侧墙；第四基础底板、第四侧墙与第二基础底板一体浇筑成形；第五基础底板与第四基础底板间设有第二地下室外墙和第五侧墙；第五侧墙与第四基础底板一体成形。本发明解决了传统的基础底板结构基础底板漏水隐患大和增加施工工序的技术问题。