本申请涉及一种上端面磁力搅拌装置，其包括伺服电机及驱动装置，驱动装置包括磁缸套件及第一连接法兰，磁缸套件包括内转子磁缸及外转子磁缸；第一连接法兰远离伺服电机的一端连接有第二连接法兰，第二连接法兰内部插接转动有中空设置的搅拌轴，搅拌轴贯穿第二连接法兰，第二连接法兰朝向第一连接法兰的一端连接有隔离套，内转子磁缸与隔离套同轴转动；搅拌轴与两组陶瓷轴承插接转动，第二连接法兰插接有与隔离套连通的进气管口，内转子磁缸与隔离套的圆周内壁间存在间隙，搅拌轴靠近伺服电机的一端与隔离套内部连通，搅拌轴上开设有与内部中空结构连通的排气口，第一连接法兰上密封插接有出气管口。本申请便于对容器进行灭菌作业。