本发明公开了一种适用于精密搬运机构的XYZ轴三向精度补偿结构，包括机构上安装板、机构下安装板，机构上安装板上设置导向组件、弹力柱塞；导向组件设置于机构上安装板的四角处，位于机构上安装板的相对边沿上对称分布设置弹力柱塞，弹力柱塞的底部顶接于机构下安装板上，导向组件插接于机构下安装板上；导向组件包括导向套、导向轴，导向套固定于机构上安装板上，导向轴于导向套中且导向轴底部插接于机构下安装板上，通过搬运机构的Z轴向下运动挤压到弹力柱塞能够使导向轴与导向套分离，分离的导向轴与导向套之间形成有配合间隙；机构上安装板上还设置顶紧螺丝。本发明实现了搬运机构的XYZ轴三向精度补偿；提高了搬运成功率、搬运精度、搬运质量。