一种半矮秆增产的玉米基因型、功能性分子标记InDel‑K2及其应用，涉及生物领域，该半矮秆增产的玉米基因型如SEQ ID NO.5所示，筛选该玉米基因型的功能性分子标记InDel‑K2，其正向引物：5’‑ACGGGTTCTTCCAGGTGTG‑3’；反向引物：5’‑GCGCTTTCGTTCGTTACCAT‑3’。本发明根据半矮秆增产的玉米基因型序列设计功能性分子标记InDel‑K2能够应用在半矮杆增产玉米的分子标记辅助选择育种中、检测半矮秆增产的玉米基因型中和区分正常高度玉米和半矮杆增产玉米中，有利于筛选出株高降低且产量增加的玉米材料，提高育种效率并加快育种进程。