本发明公开了一种变压器匝间故障保护装置、方法及存储介质，其中装置包括多个等间距安装于变压器每一相的漏磁传感器，多个漏磁传感器均与一处理器电性连接。相邻漏磁传感器的间距为RΔB，RΔB为任一点发生匝间短路时，在满足漏磁传感器检测到的漏磁变化值大于设定的漏磁变化动作值ΔBaction条件下，漏磁传感器距匝间短路点的最大检测范围。根据上述技术方案的变压器匝间故障保护装置，能够灵敏、快速地检测到变压器轻微匝间故障的发生，并使可检测范围覆盖所有绕组的同时达到经济最优。