本发明属于医用灭菌器相关技术领域，具体公开了一种带有内循环清洁水净化机构的医用灭菌器，包括外壳、观察窗、水箱、过滤管、卡箍和检修门，所述外壳的一侧设置有防护壳，且防护壳的一侧设置有旋转螺栓，所述观察窗设置在外壳的外壁一侧，且观察窗的一侧设置有第一滑块，同时第一滑块的一侧设置有第一滑槽。该带有内循环清洁水净化机构的医用灭菌器，与现有的普通灭菌器相比通过水箱将上方一侧的水泵阀门加压进行使用，通过水泵加压带动水引流到上方安装的喷洒，方便对该设备内部进行清洗，对内部清洗完的后的水液可以积攒到下方的回收储水箱进行过滤，避免浪费资源，过滤后的水液可进行二次循环使用。