本发明涉及一种具有多级梯度结构的抗菌过滤材料及其制备方法，制备方法为：先将聚合物A通过熔喷工艺制得外层非织造布；再以外层非织造布为基底，用含硝酸银的聚合物B溶液在其表面进行静电纺丝，形成中间层非织造布；最后以中间层非织造布远离外层非织造布的一侧为接收面，用含硝酸银的聚合物C溶液在其表面进行静电纺丝形成内层无纺布；制得的具有多级梯度结构的抗菌过滤材料由依次相邻的外层、中间层和内层构成，由外到内各层非织造布均具有多孔结构且多孔结构的孔径大小依次递减，中间层非织造布中的纤维表面具有多孔褶皱结构，内层非织造布中的纤维表面具有褶皱结构。本发明能够在不增加过滤阻力的同时提高过滤材料的过滤效率。