本发明公开了一种定量分析赤潮暴发早期单细胞球形棕囊藻的方法，包括引物和探针的设计与合成，样品基因DNA提取，采用引物和探针配置荧光定量PCR定量体系以及构建定量标准曲线，并进行荧光定量PCR检测。将提取的核酸溶液所测得的Ct值带入定量标曲方程式，即可对单细胞球形棕囊藻定量。本发明提供定量分析赤潮暴发早期单细胞球形棕囊藻的方法，最低定量限可达到32个单细胞，并且定量分析了实际环境样本中较低丰度的单细胞球形棕囊藻，能准确实现球形棕囊藻赤潮暴发早期低丰度的单细胞棕囊藻定量分析。