本发明公开了一种基于全弹道信息的制导飞行器自主控制方法、装置及系统。其中，该方法包括：在飞行器上升阶段，利用弹道信息对惯性传感器进行辅助校准，与卫星信息、地磁信息和惯性传感器进行组合导航，其中，所述上升阶段是从所述发射点至弹道顶点的阶段；在飞行器下降阶段，根据实测数据，进行弹道预测和落点评估，对飞行器进行复合控制，以控制所述飞行器命中目标，其中，所述下降阶段是从所述弹道顶点至落点的阶段。本发明解决了相关技术中飞行器的导航精度和命中精度不高的技术问题。