本发明公开了基于GNSS的高稳晶振驯服与保持系统及方法，包括GNSS接收机板卡和OCXO晶振FPGA，所述GNSS接收机板卡和FPGA的秒脉冲信号输出端连接至相位差测量模块，所述相位差测量模块的输出端连接至处理器，所述处理器的输出端连接至D/A转化模块，所述D/A转化模块的输出端通过信号调理电路连接至OCXO晶振，所述OCXO晶振的秒脉冲信号通过FPGA分频后输出，所述OCXO晶振上连接有温度传感器。本发明能够实现晶振频率自动保持。