本发明涉及隧道施工技术领域，提供了一种长大隧道有轨运输轨道的平顺性检测方法及系统。检测方法包括：在隧道施工期间，获取列车在轨道上运行的实时水平加速度值；根据所采用的行车速度目标值，确定轨道允许的水平加速度安全限值；将所述实时水平加速度值与所述水平加速度安全限值进行比较，基于比较结果，判定轨道的平顺性。本发明检测方法将水平加速度作为指标评价列车有轨运输的安全性，实现隧道施工期间轨道平顺性的快速检测，不影响隧道施工进度，且具有简单、高效和成本低等特点。