本申请公开一种流域风光水互补发电系统短期协调优化方法及装置，其中，方法包括：确定风光水互补发电系统短期协调运行目标函数，包括梯级水电和可再生能源两大方面的优化目标；考虑梯级水电站间的水力联系和电力联系，确定风光水互补发电系统约束条件，构建风光水互补发电系统短期协调优化模型；利用线性化策略将前两步得到的短期协调优化模型转化为MILP问题；考虑风光不确定因素进行风光水互补发电系统MILP问题的求解。从而提升流域风光水互补发电系统的整体运行水平。由此，解决了利用可调节的水电与风光等不确定性资源形成互补以共同满足电力外送需求，提升流域风光水互补发电系统的整体运行效率等问题。