本发明涉及微波传输技术领域，尤其涉及一种波导开关及微波加热系统。本发明的波导开关，包括微波定子和微波转子，微波定子具有定子内腔，微波转子设于定子内腔内，微波转子包括第一微波转子块、第二微波转子块和反射镜；反射镜设于第一微波转子块和第二微波转子块之间，且具有朝向第一微波转子块的侧面的反射面，第一微波转子块上设有两个相互垂直的微波通道，两个微波通道的一端于第一微波转子块朝向反射面的侧面交错且连通、另一端分别形成波导口；两个微波通道的内壁面上均设有用于传输微波的槽纹，两个微波通道的内壁面的交错处为光滑壁面。通过将两个微波通道的内壁面的交错处设置成光滑壁面，降低微波传输过程中打火风险，保证微波传输。