本发明提供了一种孢粉化石与黏土矿物分离装置和方法，所述装置包括若干可视黏土过滤杯、过滤杯震荡固定架及震荡台；过滤杯震荡固定架用于固定若干可视黏土过滤杯，过滤杯震荡固定架固定于震荡台上，震荡台用于使过滤杯震荡固定架沿左右方向做一维直线短距离快速运动；过滤杯震荡固定架包括骨干框架、具有开口的固定盘以及盛接盘，具有开口的固定盘固定于骨干框架的上端，盛接盘固定于所述骨干框架的下端；具有开口的固定盘包括具有若干开口的盘体、限位托及固定件；若干开口用于固定若干可视黏土过滤杯，固定件安装于盘体上，用以进一步固定可视黏土过滤杯，限位托分别固定设置于若干开口的下方，以托住若干可视黏土过滤杯。