本发明公开了一种金属结合剂砂轮微波直接修整方法及系统，本发明包括确定被修整砂轮初始的外圆跳动值，根据外圆跳动值规划微波功率P，使得每一次初整形去除的金属结合剂厚度保持为t/n且小于设定值tmax，控制金属针的针尖进行运动，同时根据微波功率P产生微波辐照进行初整形，最终完成对被修整砂轮的n轮初整形；检测被修整砂轮当前的外圆跳动值t1，若外圆跳动值t1小于t/n则判定初整形结束。本发明能够实现对砂轮完整表面的面形修整，也不依赖于表面的形状，具有修整效率高、修整过程对磨粒影响小、修整后砂轮表面形貌好、修整方式操作安全、稳定性好、环保、成本低的优点。