本发明公开了一种在冻结壁保护下进行钻井凿井作业的施工方法，包括如下步骤：对地层进行冻结，形成冻结壁，采用钻井法并以水作为洗井液进行井筒钻进作业，直到钻进至设计深度，利用起吊机具在水中下放钢筋骨架和模板，钢筋骨架和模板下放完成后，逐段连接并下放混凝土浇筑管，混凝土浇筑管下放完成后，利用混凝土浇筑管向井下浇筑混凝土，随混凝土面上升逐段上移模板和混凝土浇筑管，直至设计的浇筑面标高，井壁浇筑完成后，进行排水并停止冻结。本发明有效解决了钻井法对于深大井筒存在的施工场地占用大、井壁漂浮下沉困难和泥浆消耗量大的缺陷，具有地层适应性强、综合机械化程度高、施工安全性好、井壁整体性好和绿色环保的优点。