本发明公开了一种城市新区多模式生态补水系统及方法，属于生态补水的技术领域。包括以下步骤：获取至少一处的水源，基于所述水源存在的水质问题匹配对应的水质处理技术，得到符合入河水质标准的若干个生态补水水源；根据河网水资源的调度方式计算关于河道的生态补水需求量，基于生态补水需求量选用或者切换对应的补水模式，基于所述补水模式采用多水源互补的形式，按照预定区域和/或预定阶段完成补水。本发明提供了维护城市新区河道生态环境发挥正常物质循环、能量流动和信息交换，保护河流水生生物、维持生态系统健康和满足水资源可持续利用所需要的水资源总量，并提供了关于水资源总量的河网计算模型。