本发明公开了基于转子不平衡质量位置在线识别的磁轴承补偿控制算法，包括根据数字信号处理中的互相关理论，提取出主动电磁轴承转子系统在x,y方向振动的基频信号幅值，计算出主动电磁轴承转子平面的振幅指数Ex；以振幅指数Ex作为判定依据，根据磁轴承补偿控制算法，对不平衡质量位置进行在线识别；磁轴承补偿控制算法以不平衡质量位置为目标点，从原点开始以初始步长开始搜寻，通过不断比较当前时刻评价函数值Ex和前一个时刻评价函数值Ex‑1来调整搜索步长和搜索角度，最后使搜寻点接近目标点，本发明能在对目标点精准搜寻的前提下，加快搜索速度，提高算法效率且搜索过程较为简单。