本发明提供了基于TDM/TDMA体制的卫星通信数据封装系统及其封装方法，旨在增加软件上位机的利用率，提高卫星通信中传输较短PDU数据的可靠性。该实现方法在物理层实现，主要由：与上位机接口模块、RAM模块、GSE封装模块、GSE解封模块、CRC32校验模块组成。CRC32的校验可在FPGA内进行，与数据的封装同时完成，并通过GSE传输帧与上位机交互，减少了上位机的时间占用，提高上位机的效率。此外，对于完整的GSE包也采用CRC32校验，提高了较短IP数据传输的可靠性。