本发明公开了一组二套具有包容性且精准鉴别并挖掘稻瘟病Pia及Pii抗病基因家族的技术体系。该技术体系由2套自成体系的“抗病功能性单倍型‑抗病等位基因”等两级检测标记组成，并各自逐级推进；供试品种是否携带目标基因由各套技术体系检测的综合结果而独立决定。该技术体系可用于稻瘟病Pia及Pii抗病基因家族等位基因的鉴别、挖掘、克隆及利用，具有系统而严谨的包容性及可比性。可广泛应用于提高禾本科作物包括但不限于水稻种质资源利用的目的性及效率，提高抗病育种工作的目的性及效率，以及提高抗病品种的多样性及合理布局，以延长其使用寿命。