本发明实施例涉及地质测绘技术领域，具体公开了一种基于无人机的地质测绘方法和系统。本发明实施例通过获取地质测绘区域的区域基本数据和多个无人机的续航数据；进行测绘区域规划；进行测绘飞行规划；标记不稳定无人机；标记辅助无人机，通过辅助无人机辅助获取测绘数据。能够根据地质测绘区域的区域基本数据和多个无人机的续航数据进行测绘区域规划和测绘飞行规划，实现对多个无人机进行测绘飞行的协调，使得多个无人机能够对整个地质测绘区域进行全部覆盖但不重复的地质测绘飞行，并且能够在某个无人机的传输信号强度小于标准信号强度时，标记辅助无人机，进行测绘数据的辅助实时传输，从而避免传输信号强度较弱而造成测绘数据的丢失。