本申请涉及电力系统自动化技术领域，公开了一种基于设定协议的文件和目录自动同步方法及装置。在该方法中，首先运行多个支持设定协议且预先通过站控层设备进行同步策略配置的间隔层IED，然后判断所述任一间隔层IED的同步策略是否已初始化，若否，则对所述任一间隔层IED进行初始化处理，最后对全部间隔层IED的同步项目进行同步处理。本申请提供了一种使用设定协议在变电站站控层和间隔层IED之间同步和刷新文件乃至整个目录的配置及实现方法，更方便更适合通过设定协议进行通信，且简化处理流程，大大提升了工作效率。