本发明涉及一种改善肠道健康的后生元复合物及其制备方法。该后生元复合物，包括：石榴皮提取物、陈皮粉、火龙果粉、后生元微胶囊、淀粉和β‑环糊精。该改善肠道健康的后生元复合物的制备方法，包括以下步骤：S1、将后生元微胶囊、第一淀粉、火龙果粉和第一水混合，之后进行第一次干燥得到第一颗粒；S2、将所述第一颗粒、第二淀粉、石榴皮提取物和第二水混合，之后进行第二次干燥得到第二颗粒；S3、将所述第二颗粒、β‑环糊精、陈皮粉和第三水混合，之后进行第三次干燥得到所述后生元复合物。本发明提出的后生元复合物在短期内可改善患者的便秘问题。