本发明涉及一种脱氧核糖核酸合成芯片及其合成方法,脱氧核糖核酸合成芯片包括:本体，顶面开设有多个定位孔，所述定位孔的内侧面设有至少一个沿轴线延伸的缺口，所述定位孔沿轴线包括相连接的上端部及下端部，且所述上端部及所述下端部均开口，所述上端部的横截面宽度大于所述下端部的横截面宽度；以及多个固相载体，所述固相载体设于所述定位孔内，且所述固相载体的外侧面设有至少一个沿轴线延伸的切面，所述固相载体包括沿轴线的大头端及小头端，所述小头端容置于所述下端部，所述大头端容置于所述上端部，所述切面与所述缺口抵接。这种脱氧核糖核酸合成芯片能够使载体能够快速地正确装载，且操作精准、稳定。