本发明公开了一种鉴定新型冠状病毒的引物组、试剂盒及其应用。引物组包括如第1引物对至第168引物对中的至少一对，每个引物对均包括正向引物和反向引物，第1引物对的正向引物、第1引物对的反向引物至第168引物对的正向引物和第168引物对的反向引物依次如序列表中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：336所示的引物。本发明提供的引物组对新型冠状病毒基因组上的168个MNP标记位点具有较高的扩增特异性和稳定性；使用该引物组的试剂盒对新型冠状病毒的鉴定具有良好的灵敏度、重现率和准确率，可用于非诊断目的的新型冠状病毒的定性鉴定、定量鉴定、遗传变异鉴定、指纹数据库构建和新型冠状病毒的精细分型鉴定与溯源。