本发明涉及海水淡化技术领域，尤其涉及低温多效蒸馏海水淡化系统自动反洗过滤装置及其方法，IPC分类号为C02F，包括壳体、自动控制装置、进水管道、出水管、排污管与过滤装置，自动控制装置连接在壳体的一侧，进水管道设置在壳体的前端，进水管道的两端分别与壳体上下两端相互连接，出水管与排污管分别连接在壳体的两侧，过滤装置安装在壳体的内部；壳体的内部设置有第一水室与第二水室。本发明采用上下双进水布水装置独立供应互为备用的双模块化过滤装置，利用超频振荡、气旋滤网、曝气扰动联合作用方式显著提升反洗效果，具有缩短停运时间，自动化程度高，操作性能稳定，在线连续运行且效果显著的优点。