本发明公开了电力控制技术领域的一种省间辅助服务市场与省内现货市场的衔接方法、系统及存储介质，所述方法包括：根据中长期交易计划以及接收的国调中心下发的省间联络线预计划，制定分中心的次日省间联络线预计划；对根据分中心的次日省间联络线预计划进行的省内现货市场预出清结果进行区域预安全校核；对区域预安全校核通过的机组组织调管范围内的电厂申报数据；根据申报数据进行省间辅助服务市场出清；对根据省间辅助服务市场出清结果进行的省内现货市场出清结果进行区域安全校核；区域安全校核通过后进行结算。本发明能够在充分考虑市场经济性和电网安全性的情况下，科学、合理的协调省间辅助服务市场与省内现货市场之间的衔接问题。