本发明涉及一种轴向磁通永磁电机的水冷式机壳及智能冷却控制方法，所述水冷式机壳包括外机壳(101)、内机壳(102)和主水道盖板(103)；所述内机壳(102)设置于所述外机壳(101)后侧，所述主水道盖板(103)设置于所述外机壳(101)前侧；所述内侧是指临近定子铁心的一侧，所述外侧是指远离定子铁心的一侧；在外机壳(101)上设有主水道，在内机壳(102)上设有辅助水道。本发明，改善了永磁体的散热，可以选用更高的热负荷，并可降低电机的体积；对于水密性的要求较低，不易发生渗漏的问题；主水道和辅助水道分别进行控制，对于电机的热管理更加灵活。